全国各级政府对科研的财政投入都是不小的。而中国企业自主研发为主体的格局尚未形成。至于科研经费如何使用效率才高、如何使用才能拉动国家和地区科技的发展与进步，这是急需改革的方面。科研经费的使用究竟面临哪些问题？又该如何解决？近些年，一批诸如广州科技和信息化局系统科研单位频发贪腐，引发各方对科技经费投入方式的广泛关注.而事实上，过去数年间，全国科研经费大概只有40%是真正用于科技研发的，60%都用于开会、出差等.
在过去的数年间，科研经费使用所暴露出的问题让人触目惊心。多数事业单位及科研单位打着搞科研的幌子，以虚开发票、编制虚假预算、编制虚假账目、瞒报差率费等这种低劣的手段却屡屡得手，这实在让人质疑。
这只是存在问题中的一部分，问题不仅于此有些机关部分还利用权力进行变相权利寻租的诟病。
然而有些需要及科研经费的却动力不足输血困难。很多企业由于科研经费紧张，使得市场竞争力不足，相当于一个人的造血机能出现障碍。亟待输血，但是你让他在缺血的情况下还在奔走于血源之间，这怎么能行？
国家对于科技经费的投入却是在年年增加,2014年，研究与试验发展（R&D）经费支出13312亿元，比2013年增长 12.4%，与国内生产总值之比为2.09%，其中基础研究经费626亿元。国家认定企业技术中心1098家。2014年国家新兴产业创投累计支持设立 213家创业投资企业，资金总规模574亿元，投资创业企业739家。2014年受理境内外专利申请236.1万.
据国家统计局、科学技术部和财政部2014年全国科技经费投入统计公报显示，2014年，研究与试验发展（R&D）经费支出13312亿元. 然而，科技创新在中国推行数年后，中国企业的自主研发却大多还停留在初级规模。尽管浙江企业R&D形势乐观，但从中国北方来看，除北京、陕西和山东外，大部分省市企业科技创新能力还需加强。
一个好的消息是，大学和科研主管部门贪腐频发之后，全国科研经费40%是用于科技研发的，60%都用于开会、出差、接待等的现象正逐年减少。科研经费的使 用与管理亦越来越规范。近日，财政部、自然科学基金委联合修订发布了《国家自然科学基金资助项目资金管理办法》（以下简称《资金管理办法》）。
这意味着我国科技投入的管理将出现历史性转折,值得一提的是，《资金管理办法》明确了财政部门、自然科学基金委、项目依托单位和项目负责人在项目资金管理和使用中的职责，强调了依托单位是项目资金管理 的责任主体；对于部分资金支出提出了实行“公务卡”结算的要求，减少现金支出，实现“痕迹”管理；进一步明确规定了资金使用中不得开支的内容；对于成本补 偿方式资助的项目，增加财务中期检查,毫无疑问，这些规定将进一步加强科研经费的使用.